1 Temmuz 1920 tarihinde İstanbul'da Milli Savunma Bakanlığı Personel Dairesi emrinde çalışmayı reddederek Mudanya'da Milli Mücadele kuvvetlerine katıldığında yarbaydı. O tarihe kadar Üsküp'ten Anafartalar'a uzanan çeşitli yerlerde görev yaptı.

Ankara Hükümeti tarafından Milli Mücadele'yi yürüten kuvvetlerden 23. Tümen komutanlığına atandı, 20. Kolordu'nun da komutan vekilliğiyle görevlendirildi. Kütahya-Eskişehir, Birinci ve İkinci İnönü ve Sakarya Meydan Savaşları'nda tümen ve grup komutanı olarak bulundu. 1921'de albaylığa, 1922'de mirlivalığa yükseldi. 1926'da korgeneral oldu.

Bu sırada 1. Ordu'ya komuta ediyordu ve bir ara İzmir valiliği ile Askerği Mahkeme üyeliği de ek görev olarak kendisine verilmişti. 2. Dönem Aydın milletvekili iken Askerliği tercih ederek 1 Kasım 1924 tarihinde milletvekilliğinden isitifa etti. Çalışlar, 1930'da orgeneralliğe yükseltildikten sonra ordu komutanı olarak 20 Aralık 1939'a kadar görevini sürdürdü. Emekliye ayrıldıktan sonra VI.ve VII. Dönem Muğla, VIII. Dönem Balıkesir milletvekili olarak Meclis'de bulundu.