Bursa, Eskişehir ve nihayet İstanbul'un düşman işgalinden kurtuluşu sırasında Türk ordusunun başında şehre giren Kurtuluş Savaşı kahramanıdır.1876'da Selanik'te Mustafa Bey ile Hasibe Hanım'ın oğlu olarak dünyaya geldi. Edirne Lisesi'nden mezun olduktan sonra 1899'da Harp Okulu'nu 1902'de Harp Akademisi'ni Kurmay Yüzbaşı olarak bitierek kurmay stajı için Selanik'te bulunan 3.Ordu'nun emrindeki Görice ve Avlonya 2. Sınıf Redif Taburu'na atandı.
1904'de Priştine Redif Fırkası'nda kurmay, 1905'te Rumeli'de eşkıyaları tenkili için Kuvve-i Takibiye Tugayı'nın Selanik Alayı 2. Avcı Tabur Komutanlığına, 1908'de 3. Ordu Nizamiyet 22.Alay Komutanlığına atandı. 1910'da 3. Ordu 10. Köprülü Redif Fırkası Kurmay başkanı, 1911'de 5. Kolordu Nizamiye 14. Fırka Kurmay Başkanı oldu. Bu görevdeyken Balkan Savaşı'na katıldı. 1913'te 8. Fırka Kurmay Başkanlığına, ardından Redif Fatih Fırkası Kurmay Başkanlığına getirildi. 1914'te 7. Fırka Kurmay Başkanıyken I. Dünya Savaşı'na katıldı ve 1915'de 50. Fırka Komutanı oldu. 1918'de 49. Fırka Komutanı oldu ve Temmuz 1920'de aynı fırkayla Kırklareli'de Yunan Ordusu'na karşı savaştıysa da birliğiyle Bulgaristan'a sığınmak zorunda kaldı.
Aralık 1920'de Bulgaristan'dan memleketine dönerek 25 Nisan 1921'de Kurtuluş Savaşı'na katılmak üzere Anadolu'ya geçti. 15. Fırka Komutanı olarak Kütahya ve Sakarya savaşlarına katıldı. Eylül 1921'de Ankara Komutanlığına, Kasım 1921'de Adana Böglesi İşgal ve Tesellüm Heyeti Başkanlığına, Ocak 1922'de Mersin Bölgesi Komutanlığına getirildi. Temmuz 1922'de 3. Kolordu Komutanlığına atanarak Ağustos 1922'de bu kolorduyla Başkomutanlık Meydan Muharebesine katıldıktan sonra Mirliva (Tümgeneral) lığa yükseltildi. Eskişehir ve Bursa'yı düşmandan temizledikten sonra Bandırma'yı da geri alan Naili Paşa, Lozan Barış Antlaşması'nın yürürlüğe girmesinden sonra 6 Ekim 1923'te Kolordusuyla birlikte İstanbul'a girdi.
1923'da T.B.M.M. 2. Döneminde Kırklareli'den milletvekili seçilerek Kasım 1924'te askerliğini tercih ederek milletvekilliğini bıraktı. 1926'da Ferik (Korgeneral)liğe yükseltildi. 1934'te 3. Kolordu Komutanıyken emekliye ayrılan Gökberk, 1935'te İstanbul'dan milletvekili seçilerek tekrar T.B.M.M.'ye girdi. 23 Kasım 1936'da Edirne'nin kurtuluş bayramına katıldığı sırada hayatını kaybetti. Kabri İstanbul'a getirilerek Edirnekapı Şehitliğine defnedilmiş ve kabri halen orada bulunmaktadır.
Şükrü Naili Bey'in Nazire Hanım ile evliliğinden Turgut, Macit (d.:1908), Saadet (d.:1909) adlı üç çocuğu olmuştur.