1890 yılında babası doktor Aziz Emin Paşa'nın vazifesi nedeniyle bulunduğu Mekke'de doğan Kansu,ilk,orta ve lise tahsilini Edirne'de tamamladı. Edirne Mülki İdadisinden 1906 yılında mezun olan Nafi bey aynı yıl giriş sınavını kazanarak İstanbul'da Mülkiye Mektebi(Siyasal Bilgiler Fakültesi)'ne kaydoldu ve Mülkiye'yi 1910 yılında pekiyi derece ile bitirdikten sonra Edirne'ye Maiyet Memuru olarak tayin olundu. Bu vazife ile birlikte tayin edildiği Edirne Nimet-i Hürriyet Mektebinde(İttihat Terakki Mektebi) müdürlük ve öğretmenlik görevine de devam etti. Fikir adamı olarak eğitim alanında gelişimi ve yenileşmeyi savunmasının yanı sıra bu görüşünü savunan dergiler çıkardı. Eğitim akımları ve düşüncelerine ilk yer veren önemli dergilerden birisi olan Say-ü Tetebbu (İş ve Düşünce) adlı dergi Nafi Atuf bey ile Vehbi bey tarafından Edirne'de yayınlanmaya başlanmıştır. 1912 yılında Edirne'nin Bulgar işgalinde ailesini İstanbul'a gönderip Kaleiçinde bulunan Askeri Hastanenin Müdürlüğünü ,işgal sonrasında ise bir müddet Edirne Erkek Öğretmen Okulu Müdürlüğünü de ifa eder.
1914 yılında İstanbul'da bir müddet Darüşşafaka'da Müdür Yardımcılığı ve öğretmenlik yapmaya başladıktan sonra aynı yıl Bursa Öğretmen Okulu'na müdür olarak tayin edildi. 1912 de Edirne'de izcilikle ilgili başladığı ve bu alanda ilk sayılabilecek çalışmalarına Bursa'da da Uludağ kamplarına önderlik ederek devam etti. 1915 yılında İstanbul'da, İstanbul Erkek Öğretmen Okulu Md. yardımcılığı ve Kız Öğretmen Okulu öğretmenliklerini ifa ettikten sonra bir yıl müddetle ikinci kez Bursa'da, Kız Sanayi Darüleytamı'nda Müdür olarak görev alır. Bu tarihlerde Nafi bey ve eğitimci arkadaşlarıyla birlikte İstanbul'da çıkarttıkları Muallim Dergisi'de eğitim alanında önemli araştırma ve yazılara kaynak olur. Bu dergide, Nafi Atuf'un eşi ile birlikte bulunduğu Bursa'da, Bursa Öğretmen Okulu Müdürlüğü sırasında yaptığı ve ülkemizde ilk sayılabilecek öğrenciler kapsamında Büyüme Araştırması yayınlanmıştır. Kansu, 1918 yılından İstanbul'un işgaline kadar İstanbul Kadıköy Erkek Darüleytam(Öksüz Yurdu) Md.lüğünü ifa etti. Kurtuluş Savaşı Hareketi'nin varlığını duydu ve çökmekte olan Osmanlı İmparatorluğu'nun payitahtından Milli Mücadeleye katılmak üzere 1921 yılının ilk günlerinde Ankara'ya geldi.
Ankara'da Hakimiyet-i Milliye Gazetesi Yazı İşleri Müdürlüğü ile başlayan görevlerine genelde mücadelenin eğitim cephesinde yoğunlaşan Nafi Atuf Kansu, Ankara Atatürk Lisesi ve Kayseri Lisesi Müdürlüğü,Orta Öğretim Genel Müdürlüğü ve 1924 den itibaren üstlendiği Maarif Vekaleti (Milli Eğitim Bakanlığı) Müsteşarlığı ile devam etti. 1924 ve 1927 yılları arasında ifa ettiği Maarif Müsteşarlığı, Cumhuriyet tarihinin ilk Eğitim Müsteşarlığı olarak önem arzetmektedir. 1927 seçimleri ile Maarif Vekaleti Müsteşarlığı'ndan siyasete geçen Kansu, 3.Dönemden itibaren 3 dönem TBMM'de CHF Erzurum mebusu olarak yer aldı. TBMM tarafından Nafi Atuf Kansu'ya 1927 yılında "Mücadele-i Milliyede asari hamaset ve fedakarisinden" dolayı İstiklal Madalyası verildi.
1928 yılında Atatürk tavsiyeleri ve himayelerinde kurulan Türk Maarif Cemiyeti'nin(Türk Eğitim Derneği) bizzat kuruluşunda çalışan Kansu 1928 den 1935 yılına kadar 2 dönem bu derneğin Başkanlığını da yapmıştır. Atatürk'ün vefatından sonra 1 dönem Giresun ve 2 dönem Kırklareli gibi illeri de milletvekili olarak temsil ederek ölümüne kadar mebusluk görevini sürdüren Kansu, 28 Ekim 1949 tarihinde, 59 yaşında iken Ankara'da vefat etmiştir.
1932 yılında gerçekleşen açılışından itibaren uzun süre idareciliğini yaptığı Halkevleri teşkilatı onun zamanında çok gelişmiş ve büyümüştür. Ankara Halkevi Başkanlığında bulunan Nafi Atuf Kansu, Halkevlerinin yayın organı Ülkü Dergisinde de yöneticilik yaparak birçok sayıya yazılarıyla emeğini katar ve derginin düzenli çıkması ve yaygınlaşması için basımından dağıtımına kadar birçok konuda özveri ile çalışır.
Neşriyatında bizzat görev aldığı Say-ü Tetebbu, Muallim gibi mesleki dergilerin yanında Türk Yurdu, Terbiye, Ülkü gibi dergilerde eğitim ve kültür politikaları konusunda birçok yazı ve makaleleri bulunmaktadır.
1938 den 1947 yılına kadar Parti Yönetim Kurulu Üyesi ve 1944-1947 yılları arasında CHP Genel Sekreterliği Yardımcılığı ve Genel Sekreterlik görevlerinde de bulunan Kansu, bir öğretmen olarak ise Türk Eğitimi'ne şu kitapları bırakmıştır.
Yeni Mektebde-Edmond Demolins'ten (1912)Vatanım Coğrafyası (1914)Frobel (1914)Fenn-i Terbiye Tarihi (1916)Tolstoy-İptidai Muallimi (1919)Pedagoji Tarihi (1929)Türkiye Maarif Tarihi Hakkında Bir Deneme-2 Cilt (1931-32)Türklerin Terbiyeye Hizmetleri (1932)İlk Kültür İzleri ve Nakil Vasıtaları (1933)